生信专用服务器

[hanh1985]

想问问大家，海外有没有比较便宜的生物信息用的服务器租用呢？

最近看到一些公众号在推广生物信息服务器租用，一般共享几十核的 CPU 加上几百 G 的内存，一个月数百元，倒是符合一般生物信息的应用了。但是最坑的是网络，不管是 github ，docker 还是 wget 一些海外数据库，速度和乌龟爬一样，尤其像 nf-core 这样重度依赖网络的流程基本就被坑死。

于是进一步想到，海外有没有类似的面向生物信息的服务器（多核，大内存，上 T 的硬盘存储空间）租用的廉价方案呢？这样困扰就少了一大截了。

希望了解情况的朋友能分享一下。

[lemonda]

@hanh1985
https://lowendtalk.com/discussion/190499/b-l-a-c-k-i-s-h-f-r-i-d-a-y-s-a-l-e-fiberstate-mega-sale-giveaways-kaboom
120 美元可以买到 7950x 了。
50 美元买到的 5700g 回帖可以内存翻倍。

[sNullp]

Up to 96G 内存 16 核，10T+硬盘，有兴趣联系我 用户名 @gmail

[SuperXX]

搞科研要？ 学校没有 HPC 吗？ 确实没有可以考虑 Google Cloud ， 也可以申请 Credits 用于科研，AWS 也有类似的项目

[sunamask]

理论上 nf-core 只在第一次运行的时候，对 github 的一些域名有要求，比如 raw.githubusercontent.com ，而且一般是企业用户的 config 文件、测试数据啥的。

你可以排查一下，把所有这类情况单独修改到本地就 OK 了（下载测试数据/数据库 reference/config 到本地，修改 config 文件里测试数据的路径啥的），这类文件一般不会随着版本更新有改动。

[sunamask]

或者你可以试用一下 nf tower ？ Community edition 不花钱。

[PhoneGor]

@sunamask 说得没错，先把 igenome 、数据库下载，然后修改 config 文件即可

[hanh1985]

@lemonda fiberstate 好像没有库存了。

[hanh1985]

@SuperXX 自己搞点项目，实践一些简单的想法。老有医院或者外面的人找，也可以把这些资源盘活起来。不想去蹭单位的资源，免得麻烦。云的那套也弄过，补助几年前也搞过。配置好了，成本也不低，现在就是想搞台单独的服务器，替代家里的工作站来用。

[hanh1985]

@sunamask nextflow 也提供 offline 的方式，这样我可以在支持外网的环境下下载好需要的组件，然后传到一台便宜的服务器上去。

nf-core 只是个例子，我使用 R 编程的时候，常常还碰到要安装个库，然后就是连接超时。最近恰好碰到原来的服务器硬盘坏了，需要迁移所有的镜像和环境（屋里原来还有软路由）。如果加一点点钱可以避免这些麻烦，可以节省大量的时间。

[ushio]

要大内存和多核可以去看看 Hetzner ，几十欧到两三百欧都有很多选择，像云筏这样的生信云创业公司初期都是买 Hetzner 分割成 VPS 卖

[hanh1985]

@ushio 好，谢谢推荐。

[sunamask]

@hanh1985 #29 第一次碰到技术栈这么贴近的同行，泪目。

R 的话可以用 TUNA+renv 来管理环境，也可以做成容器，我的 R dev 环境就是和 Rstudio server 一起放在容器里的。

我是想说网络问题都有解决方案的，可以具体问题具体分析。

[hanh1985]

fiberstate 没货。我在 dedioutlet 上找了一台，2x E5-2680V2 (20 核 40 线程), 96GB 内存，240GB SSD + 1T HDD, 64 美元一个月。用国内的双币信用卡付的账单。网上评价说与国内的通讯速度慢，但是我主要是在上面搭流程，做开发和分析，下载海外网站的速度快就可以。先用着看看，以后有更合适的再换。

[hanh1985]

@sunamask 后面可以多多交流。最近还在琢磨，针对细分领域的网络优化，数据代下等后续能不能做成业务😄。

[lemonda]

@hanh1985
哈，需要盯一下，刚取消了几台。
LET 里大概需要什么配置，可以发 request ，商家看到会给报价，有时候比公开的 offer 好很多。

[hanh1985]

@lemonda 好的，学习了。

[SuperXX]

@hanh1985 那我推荐自己撸台二手服务器吧， 可以看看 EBay 上的准系统，比如 T7920 双路直接插满吧

[SuperXX]

T7920 准系统前不久看的价格是 349 ， 也可以去 Reddit 上看看 HardwareSwap 或者 Homelabsales

[hanh1985]

@SuperXX 人在国内。是自己在 ebay 买了之后再托管到海外机房么？没有试过这种方案，不知道怎样。

[sNullp]

t/1004783