Ubuntu 服务器多线程不稳定，数据 md5sum 经常变

[faoisdjioga]

在做生物信息学分析过程中，用到的软件为 R/python ，和一些其他生物分析常用软件，在跑多线程任务时候经常出问题。

1 ） 多线程任务，

1.1 ） 比如，Error in unserialize(node$con) ，还有一些 warning ，说是线程没有返回结果（还有其他一些线程错误代码）

1.2) R 和其他的软件在跑多线程的时候，用的__好像__是 c++, 是我 c++还需要进行适配嘛?

1.3) 我 python 跑一些多线程任务时候好像就比较稳定。

2 ） 有些数据存储过程不稳定；

2.1 ） 下载的生信数据(fastq.gz)md5sum 不知道什么原因就变了（数据有些 quality, reads 长度不一致），数据不可用

2.2) 但我的一些其他数据好像没有问题，一些基于 R/python 存储的对象，csv ，txt 的超大表格等，没有问题，可以正常读取，数据重新跑，结果也能完美重复，但是我没有 check 过 md5sum

尝试过的解决方法：

1 ） 重装系统，

2 ） 换硬盘(固态 -> 硬盘 -> 固态)，硬盘挂载方式也从 lvm -> 直接挂载

3 ） ubuntu 桌面卸载

4 ） 换软件版本（尝试了超多的版本）

都不行

后来用公司服务器跑就没有什么问题（公司用的是铂金的 cpu ）。采取和我本地电脑相同的软件配置，相同的数据。

1 ） 数据稳定

2 ） 一些软件没有报错

目前我只能暂定认为是硬件稳定性不好，

吐血求助： 到底是哪里问题，1 ）是家用主板是不是当不了 server ，2 ）还是我个人配置问题，3 ）还是我硬件没有氪金上高档的。

我的配置是：

CPU 12700 （散片），

主板 MSI-B660M ，

内存 DDR4 asgrad 32GB x 3 ，16GB x 1 （ 22 年购买，用的是网上相对很便宜的 DDR4 ）

系统 Ubuntu

[a22271001]

看程序代码

[LittleSho]

内存用 memtest86 跑 4 圈看看有没有 error
CPU 用 intel 处理器诊断工具跑一遍试试(需要在 windows 下跑)

[weidaizi]

😂 md5sum 变了这个还有可能是硬盘的问题，但是 OP 说线程返回错误，这个锅都要系统/硬件来背是不是夸张了
而且啥代码都不贴，给个报错信息，别人怎么知道是什么错误？

[kkkbbb]

操作系统多线程不稳定，头一次听说也是

[F7TsdQL45E0jmoiG]

服务器内存有 ecc 校验

[F7TsdQL45E0jmoiG]

另外，disable cpu 超线程

[ShuWei]

极大概率是代码的锅

[laqow]

下载国外数据大概率出错是国内网络特色。另外如果通过移动机械硬盘拷贝 10G 以上数据大概率会出现写入错误，应该用带校正的软件拷贝。ubuntu 默认是缓存读写硬盘，卸载移动硬盘前应该运行 sync 合并缓存。
python 和 R 原生都是假的多线程，使用 sock 方式实现共享内存时需要复制主进程所有内存，很容易就内存不足。ubuntu 下可以使用 fork 方式实现内存共享。

[imlm]

生信数据库数据 md5sum 校验出问题大概率是网络问题，特别是特别大的 fq 文件，建议更换网络。有些时候为了防止传输 fq 文件中的出错，我会选择做私人种子传输😓

[tomychen]

检查内存吧 当年撸了个 copy file 因为内存问题,搞得我怀疑人生,直到有一天,我无意中 cp xxx.iso /tmp/xxx.iso
然后 再 check md5 才发现错怪了自己

[faoisdjioga]

测试了很多。mmtest 显示内存有问题。
不打算继续买内存做测试了。大概率是内存的问题。CPU 和其他硬盘都测了，没有问题。