针对楼主说的几点问题，从做恶意网站数据处理、引擎开发的角度给你几个回复：
先做个背景介绍把，一般恶意网址的来源有几个：
1、引擎检测，就是比如百度搜索每天有一大堆的搜索网址，直接拿来作为入口url，放到集群去检测，然后引擎识别是否恶意网址，不同引擎标注网址恶意类型；
2、人工举报审核，各种平台会有一大堆网民举报的网址，然后通过人工审核，确认恶意情况入库到恶意网址数据库；
3、数据交换，不同的恶意网址产生提供商之间为了更好的数据准确性及覆盖，一般会做一些数据交换，进行互补。
正常情况下，那些安全厂商的恶意网址就是这样来的。
然后根据以上的几个情况，可能会存在几个识别问题：
1、分类识别不准
2、误报
3、漏报
这几个情况基于以上三种数据来源来说：
1、人工审核就不说了，因为是人工看，不排除存在误报和分类不准情况，但一般基本是为0
2、引擎检测，这个没什么好说的，每家开发的引擎不一样，算法不一样，资源不一样，识别情况都是不同的，比如腾讯搞自家仿腾讯产品的仿冒网站就识别的比较准，淘宝搞识别阿里系网站也是比较准；还有就是专精，比如金山，专精钓鱼，因为他们有赔付服务，但是也避免不了误报。
3、厂商数据交换，这取决于厂商的能力，包含他们的引擎识别准确度等，一般会先做质检，然后才会根据情况使用。
再单独说下分类不准的情况，就钓鱼和仿冒来说，大部分的网站为了钓鱼会先仿冒，所以就这种情况首先就不好归类；然后再谈谈细节问题，一般来说，引擎是无法做到细化到具体的技术细节的，一般会给出个出问题的url，因为实现这种东西没必要，等于花那么多的钱去搞一个可能只是个别人重视的东西，一般这种技术细节也只有懂技术的人才会看，而懂的人一般根据恶意类型，然后知道根据url和恶意类型一般就能找出问题来。
本来想多写点，不过要上班了，哈哈，就不多说了，最后针对回答下以下几个问题，其他可以关注我知乎专栏：
http://zhuanlan.zhihu.com/fooying。1.只说有“盗号危险”，具体技术细节只字不提
答：这个问题上面解释过了，就不说了
2.检测报告说“有危险”的3个页面中有1个页面是不存在的（404）
答：机器是不会骗人的，如果不存在的页面是爬不进去的，引擎的实现也是基于爬虫的前提的，所以只可能是网址被删除了。
3.检测结果和所谓的挂马盗号没有一毛钱关系
答：不知道你说的检测结果是啥，不过这里有两个概念，一个是漏洞检测，一个是恶意网站，一般来说，如果存在漏洞的网站容易被黑，然后就容易被篡改页面啥的（具体看这个http://
zhuanlan.zhihu.com/fooying/19705511）。4.申诉之后需要30天时间的“观察期”（就算已经修复了所谓“盗号漏洞”）
答：据我了解，有这个机制的存在原因是因为存在部分确实恶意的网站，然后每次申诉的时候，故意把页面弄成正常页面，然后去申诉，申诉通过又改回去的情况，所以才有了这个机制。
5.邮件中给出的查看详情的链接几乎没有可用的信息（傻瓜式体检）
答：不知道指的是哪个链接，如果是查看漏洞检测页面的那个链接，详情是需要先认领网站，也就是登陆认领，确定那个网站是你自己的才能查看，因为从负责的角度讲，一个网站的漏洞信息肯定是不可能透露给该网站管理、站长之外的人的，因为会被一些有心人利用。
6.没有任何客服电话和邮箱地址，完全没办法交流
答：这个具体我就不知道了，建议官网找找。
7.anquan.org是一个叫知道创宇的组织，不是腾讯
答：根据官网说明，安全联盟是第三方组织，知道创宇是运营方。
8.邮件里居然提供一个QQ群号作为联系方式，但是这个群居然根本不存在（92557936）
答：这是似乎是，表示不清楚情况
然后最后说几点，不是针对楼主，只是作为一个从业者，经常碰到的情况，其实搞任何东西都不是容易的，都会被骂，但是总得有人出来搞。
所有的恶意网站都会说自己网站是安全的，这就跟所有的罪犯总是说自己没罪是一样。
警察会抓错人，网站也会误判，很多恶意内容是看不出来的，比如这几种，
http://zhuanlan.zhihu.com/fooying/19705511。如果确定自己网站没问题，建议到安全联盟联系客服处理，申请解封，解决问题才是王道，给楼主个传送门：
http://www.anquan.org/seccenter/appeal_verify/最后，把网址贴出来看看把，我帮你看看是否真的有恶意内容，你不贴表示真心帮不了你。
扩展阅读：
http://zhuanlan.zhihu.com/fooying/19706777http://zhuanlan.zhihu.com/fooying/19705511