Jessie 上还是 5.6.7，Stretch 上已经升到 5.6.9 了。虽然估摸着很快会转入 Jessie 不过毕竟是安全漏洞，早打早超生。

加入 Stretch 源

sudo vi /etc/apt/sources.list

或者使用你喜欢的编辑器。把主要来源复制一份然后把发行版改为 stretch。例如：

deb http://mirrors.linode.com/debian/ stretch main
deb http://mirrors.linode.com/debian/ jessie main

设定发行版的优先级

sudo vi /etc/apt/preferences

写入

Package: *
Pin: release a=jessie
Pin-Priority: 900

Package: *
Pin: release o=Debian
Pin-Priority: -10

这样可以保证，除非明确指定发行版，否则只安装 Jessie 版本的包。

更新列表并安装新版本的 PHP

sudo aptitude update
sudo aptitude -t stretch install php5-fpm

下列“新”软件包将被安装。
  libvpx2{a} 
下列软件包将被“删除”：
  libvpx1{u} 
下列软件包将被升级：
  libgd3 php5-cli php5-common php5-fpm php5-gd php5-mysqlnd php5-readline 
7 个软件包被升级，新安装 1 个，1 个将被删除， 同时 200 个将不升级。
需要获取 6,086 kB 的存档。解包后将释放 165 kB。
您要继续吗？[Y/n/?]

装完就是新版本 5.6.9 了。

[教程] Debian Jessie 上升级 PHP 5.6 至 Stretch 的 5.6.9 版本

加入 Stretch 源

设定发行版的优先级

更新列表并安装新版本的 PHP