subtree 的使用问题

[sophymax]

先把项目clone到本地,开始弄subtree的东西
git remote add -f pb git@10.10.10.10/pb.git
git subtree add --prefix=protocol pb master --squash
git fetch pb master

git subtree pull --prefix=protocol pb master --squash

这样,
subtree里的东西按照预期那样更新了下来,
我就愉快地进行工作了,
写了好多代码,
随后临下班我要合并代码,
git fetch
git rebase origin/master
经过漫长的等待,
我的主目录被成功干掉并且换成了subtree的内容,
^_^
所以,
到底是哪一步出的错