用你的方式说出来，可能听起来是很绕，但是实际用起来，并不会和在电脑上用文件管理有太大的区别。
「这到底是一个什么组织方式？」电脑同理
「里面的文件夹到底是谁创建的？」电脑同理
「我能随意修改吗？」电脑同理
「到底哪些会同步，哪些不会？」在网盘上的就会同步，不在的就不会
「这到底是不是我的私人网盘，还是说只是应用的缓存文件夹？难道是混在一起用？」电脑同理
感觉楼主就是（想）混淆
Files.app 和 iCloud 两个概念，而 iCloud Drive 只是 Files 中的一个 tab 而已。
比如原生的就是
- iCloud Drive （云，同步）
- on my iPad （本地）
然后你可以添加各种第三方 app
（会同步的）网盘例如：
- Dropbox
- 腾讯云盘
（不会同步的）文件管理器例如：
- Documents
（更高级的同步）例如 Git 管理器：
- Working Copy
至于你文件存在哪里，哪些文件夹可以删之类的问题，和平台并没多大关系，不会用的人用什么都会遇到困难。
曾经 iOS 不提供文件系统，想让 App 只处理属于自己的文件，让文件概念消失，就是为了用不来的人做的设计，现在在大家的要求下，文件回来了，你又说有人用不来怎么办，就很尴尬了。
Files 当然有很多可以改进的地方，但是目前的逻辑貌似还是挺清晰的。而且系统文件不会暴露给用户，这样用不来搞砸的人也不会特别毁灭性，你处理的文件都是属于你的文件。