这里有没有人用python做生物研究的?

2013-01-31 03:13:37 +08:00
 yech1990
生物信息博士一枚,做实验,写点代码。想学一学python,发现python的论坛气氛都很浓,就没发现用python做科研的啊。。。
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31 条回复
yech1990
2013-01-31 21:56:15 +08:00
@kaiqiz89 有没有文献的链接?这个名字不好搜—— ——#
frogs
2013-01-31 22:10:20 +08:00
借问一句 生物信息学现在钱景咋样 XD
Vienta
2013-01-31 23:04:06 +08:00
@frogs 和生物沾边的暂时都没有大质变,我是学四年生物的,现在iOS
Vienta
2013-01-31 23:06:09 +08:00
@yech1990 楼主,一直不明白生物信息到底是啥,和编程有什么关系,我本科四年生物,现在已经转战iOS了,要是生物信息也能够编程,而不是那些无聊的概念和抽象到根本没有得到实际证明的理论,我也想混个那个玩玩
yech1990
2013-02-01 01:25:42 +08:00
@Vienta 计算应该是现在生物学的主流,从做分子到做生态都离不开计算了。编程在生命科学研究中的重要性国外有很多讨论,搬运一篇《computational thinking in the era of big data biology》。
原因的话,一方面与历史有关,生物学是一个喜欢收集数据的物种,在达尔文时代之前就有收集标本的习惯,随便一套植物学志,动物学志都有过万页吧,只是当时没有计算机来处理。不过现在的生物学已经很少研究形态学了。
一方面是当今的生物学已经深入到基因,蛋白的角度,很多人不理解这有多少东西好算的。很不负责任的估算一下:一个人的基因组的数据量是3个G(10的9次方),转录组之类的会更大,如果要比较100个人样本的差异,那应该就有300G吧,加上annotation的话会更大。其实这也不算什么,大美利坚做了很多烧钱的项目,比如花几十个billion把1000个癌症病人的所有癌细胞(每个人大概有10的14次方个细胞,癌组织会少一点)都测序,每个细胞也都有3G的数据,这样的数据量的话如果不借助编程的话是搞不定的。 同理蛋白结构,网络的拓扑结构之类的都是需要算的。
说点实的,现在TOP500的supercomputer其中有很大一部分就在进行生物学计算来的。
^_^,至于有没有趣的看个人了,想想如果通过计算能知道有些人为什么容易得癌症,有些病毒为什么更容易突变,还算挺有趣的。 不过生物信息学还算有前途,没钱途的东西。
enzyme
2013-02-01 04:41:23 +08:00
生物信息有很多方向。有面向算法的,开发软件的,亦有研究进化模型,推导理论的,还有更多的是用于二代测序应用的。

其实涉及很多的计算问题。简单的例子如下:

人个体之间的不同的最根本是源于你我的基因组不同。人类的基因组大约有3*10^9个ATCG四个碱基,这些ATCG的不同排列造成了个体之间的差异。

举个简单的粗糙不严谨的例子:
以二型糖尿病为例,简单鉴定一个健康人与患者的基因组差异不能够解释为什么患病,因为这些差异可能是因为身高等其他性状的不同。而通过测序多个患者与健康人的基因组,全基因组关联分析,则有可能真正找到究竟是那些基因变异增加了患病的风险。需要大量计算。

至于,为什么会有很多人用perl。可能一是因为习惯原因,perl有很多这方面的库了,2是可能perl在写一些一次性用的脚本上很方便。虽然,有时quick and dirty,但能干活儿。
azalea
2013-02-01 10:30:54 +08:00
我是读生信的,一直用Python,不过就是处理下文本文件,画画图什么的。具体工作还是要用对应软件,比如short read aligner用Bowtie,找相似序列用BLAST。最近打算转向R。
zhensun
2013-02-01 11:47:09 +08:00
Matlab 转向 R 比较常见。
Vienta
2013-02-01 17:44:32 +08:00
@yech1990 感谢你的回答,看到后面的一句话,确实是道出了我们这些学生物的童鞋的小命了。哈哈,我相信它会是很有前景的,本科同学八成以上都在读研了,读完研出来相信也会好点。我呢,其实学的也不错,不过最后对它已经不感兴趣了,所以就转了,现在也做这个也挺好,能创造点东西。毕竟大学不只是是学某个专业嘛,学的也是学习力。祝楼主好运
kaiqiz89
2013-02-01 18:27:48 +08:00
@yech1990 www.sklmg.edu.cn/articles_98.shtml 我们实验室网站

@enzyme 5看你头像,搞遗传的?
unionx
2013-08-17 04:15:46 +08:00
话说我最近开始bioinfo了,LZ可以看看这个网站,用py解决bioinfo问题的教学网站:

rosalind.info

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