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zxCoder 确实这个东西如果不曾想过用的人，是不知道该怎么用的。我也是多年科研摸索出来的一些需求，写成的软件，我大概描述一下我的科研流程，是如何契合这个软件的，顺便回答你的问题。
科研流程：
1. 根据自己研究的方向，追新论文：无论是来自 arXiv ，会议，期刊还是什么地方，大家都是从网上看新论文，同样跟你一样在会议列表啊，google 学术啊找论文，但是基本上，我的领域最后都会归结到一两个地方，也就是 IEEE 或者 arXiv 。大部分论文都挂在上面，也有一部分不挂的。我之后想要加入 RSS 订阅功能，这样 arXiv 挂出来的新论文根据关键词，就可以在软件里显示。
2. 筛选感兴趣的、有意思的、或者跟自己研究强相关的竞争者论文：在一开始读的时候，我直接浏览器的 PDF 阅读打开看看大概，如果觉得有点意思，想留存下来，就把它导入到我的软件里进行留存，通过 Chrome 插件也好，下载 PDF 拖入也行。对于那些水水论文，看两眼也就关了，没有保存的必要。至于为什么要留存这些高质量论文，原因是这些是值得跟导师，同学讨论分享的，在未来可能对自己的研究有帮助的，甚至未来自己的论文要作为对比方法引用的。
3. 对留存下来的高质量论文进行整理，对他们打 Tag ，加 Flag ，记录简单的 Note ，甚至什么都不做，就是放在软件里。目的是为了方便快速地再次找到他，打开再次阅读。当你跟老师 meeting 的时候，说我最近读到一个方法还不错。你想快速打开这个论文的 PDF 进行简单的讲解，那么不用管理软件，就要打开 Google 去搜，打开文件管理器去翻找。如果你记得你的论文标题，那好说，但是当你看的论文很多之后，我相信这不是一个简单的事情。。所以使用管理软件，你最起码记得属于什么 Tag 这样的信息，因为 Tag 都是你自己打上去的，比如 classification ，segmentation 。通过 Tag ，Flag 进行快速筛选，然后结合展示的标题、作者、发表等，一下就想起来是哪个了，然后双击打开跟老师同学展示，很顺畅。除此之外，通过高级搜索全文搜索等，也可以满足一些检索场景。同时针对 Source Code 。也会尽量抓取并展示可用的代码。那么在我找我需要的论文的源代码的时候，也可以一键直达了，省去了去 google 输入标题再搜的步骤。
5. 当自己的研究不错了，准备开始写论文了。至少我目前投稿的所有会议期刊，都提供 LaTex 模版（所以我至少目前没有去考虑 Word 的问题）。所以需要方便地把我需要引用的论文的元数据转化为 BibTex 格式。此时，我会创建一个 Folder 叫做 CVPR2022 ，把我需要的引用添加进这个 Folder ，然后方便地导出为 BibTex 。这个 Folder 不是文件管理器的文件夹，而是我的软件里的一个逻辑组织的层级，跟 Tag 一样。Tag 是论文的自有属性，比如内容是关于什么的。Folder 是个人赋予的属性。比如我为这次投稿创建的引用文章的 Folder 。因为软件可以定时自动检索预印本论文发表了没，所以库里面所有的 publication 信息都是能检索到的最新的。因此你很少会出现 Reference 里大量的已发表但是还是标记 arXiv 的情况了。我不用再费劲地一篇一篇去搜发表了没。因为我就遇到过一次审稿人不满意说这个论文已经发表在 XXX 但是你写的 arXiv 。
那么这是我的科研习惯，这个小软件完美地契合了我的工作流程。接下来回答你的问题：
1. 见上
2. 全文搜索跟直接打开 pdf ，再搜索有什么区别吗？
这里的全文搜索是对整个你论文库的全文搜索，不是一个文章，比如我记得我看过一个论文忘记什么名字了，只记得里面提了 ABC 这个单词，我怎么找呢？就在软件的搜索搜 ABC ，它会展示出哪些论文里有 ABC 这个单词。
3. Code 搜索如何做的？
这个功能是我这周才加上的，还在完善中，目前就是从 PaperwithCode API 得到的。我看了看至少我这个领域，PaperwithCode 囊括的还是挺全的。后续还得继续完善这个功能，比如正则匹配论文里的网址。但是要注意，这个功能再怎么也不能做到每一个论文都能完美搜到 Code 。没有那么智能。
4. 这指的是里面还是内嵌了一个 pdf 阅读器？
不，这里面没有任何 PDF 阅读器。我个人习惯是软件做自己的事情，我看 PDF 就用专门的 PDF 阅读器去看，市面上那么多选择，大家都有自己的喜好。我这个只是一个管理工具。