请教 Python 大佬,遍历一个 5GB 大小的 txt 文件,用什么方式效率比较高

2022-07-22 20:09:29 +08:00
 ranxi

python 新手,现在有个需求,大概几百万条数据需要翻译,映射关系存在一个 5GB 左右大小的 txt 文件里,也就是拿几百万个值去几亿条数据里去匹配,怎么做比较好

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所在节点    程序员
35 条回复
wxf666
2022-07-23 09:42:48 +08:00
@ranxi 可以试试用 sqlite ,几行搞定 导入+翻译+输出,感觉速度应该也不慢


1. 生成 O2.txt (从小写字母,映射至大写字母,共 26 行)

printf "%s\n" {a..z} | sed 's/^.*$/&\t\U&/' | tee O2.txt

『输出』
a    A
b    B
…  …
z    Z


2. 生成 O1.txt (也是 26 行,字段内容是:主键 ID 、预期转换成啥样、待转换内容)

printf "%s\n" {a..z} | awk -v OFS=$'\t' '{print NR, toupper($0), $0}' | tee O1.txt

『输出』
1    A    a
2    B    b
…  …  …
26    Z    z


3. 导入映射表至数据库

sqlite3 -tabs O2.db 'CREATE TABLE O2 (key PRIMARY KEY, value) WITHOUT ROWID' '.import O2.txt O2'


4. 逐行查数据库进行翻译

4.1 为 SQLite 启用 csv 扩展

①下载 csv.c: https://www.sqlite.org/src/file?name=ext/misc/csv.c&ci=tip
②编译扩展:参考 https://sqlite.org/loadext.html

4.2 翻译

SQLITE_CSV_LIB_PATH='./csv' # 编译好的 CSV 模块库路径(可省略后缀)
SQLITE_CACHE_SIZE_MB=512 # 数据库最大缓存页面大小(单位:MB )

# sed -E 's/"/""/g; s/^|$/"/g; s/\t/","/g' O1.txt |
tr '\t' ',' < O1.txt | # 制表符 转成 逗号(要求 O1.txt 每列内容,都不包含『"』『,』,否则用上面那行)

sqlite3 -tabs O2.db \
  ".load $SQLITE_CSV_LIB_PATH" \
  "PRAGMA cache_size = -$((SQLITE_CACHE_SIZE_MB << 10))" \
  'CREATE VIRTUAL TABLE TEMP.O1 USING csv(filename="/dev/stdin", columns=3)' \
  'SELECT O1.c0 id, O1.c1 expect, O2.value replaced FROM O1 LEFT JOIN O2 ON O1.c2 = O2.key'

『输出』
id   expect   replaced
1    A    A
2    B    B
…  …  …
26    Z    Z
FYFX
2022-07-23 10:15:51 +08:00
以前我还会考虑怎么做,现在碰到大点的数据,现在就两张表都塞 hadoop 然后 spark 跑个 join 就好
winglight2016
2022-07-23 10:40:23 +08:00
前面有人提过 dask 、dtable 这些照理够用了,还想通用一点,上 spark 、flink 这种大数据平台
krixaar
2022-07-23 10:42:32 +08:00
5GB 左右几亿条,数据条目本身不大而且规整的话,按某种方式(比如先 hash 一下 key )切一下建文件夹和文件,比如 abcdef 对应 123456 就建 ab/cd/ef 路径,文件名 123456 ,建好之后直接 path 判断下有没有,有就把路径里唯一的文件名写进去。
wxf666
2022-07-23 16:41:27 +08:00
@krixaar 这个开销有点大噢

比如 Linux ext4 ,每个文件所需的一个 inode 要 256 字节(存各种属主、权限、时间信息,还有数据分布在哪儿等),

且不说应该不会预留几亿个 inode 可用,光是建一亿个文件就要 23.8 GB 的 inode ,还没算目录……

以及长文件名、特殊符号等其他问题

那还不如用数据库呢,MySQL 的 innodb 下,一行数据仅额外需要至少 18 字节(存事务、回滚信息等),SQLite 更少

若这个表的 B+树 3~4 层高,前两层容易缓存至内存,那么翻译一行数据一般只需额外读取 1~2 次硬盘,绝对比文件系统开销小
krixaar
2022-07-23 17:01:54 +08:00
@wxf666 #25 说了不考虑数据库啊🤣
另外这个提法是为了黑 Windows 版 QQ 的群图片缓存( Image\Group2 ),腾讯是把文件名开头的四个字符比如 abcdef.jpg 建成 ab/cd 路径然后把 abcdef.jpg 文件塞里面。
wxf666
2022-07-23 17:50:45 +08:00
@krixaar 不知为何不考虑数据库,权限不足?不熟悉?

连 1MB 、无需额外进程 的 SQLite 也要排除。。

那上面提到的大数据平台就更离谱了


眼拙,丝毫没看出原来是在讽刺

其他做得好的类似软件,是如何存储这些小文件的?数据库?

SQLite 确实提到过,数据库中存储小文件,可比文件系统快 35%,减少 20% 磁盘占用

https://sqlite.org/fasterthanfs.html
documentzhangx66
2022-07-23 20:04:55 +08:00
这种场景,你说你不用数据库,我猜测,你应该是 C++ 内嵌汇编的大佬,自己能写出比数据库引擎更好的分析、算法、索引,结果,你起手式却是 Python ?????

你用 Python 处理数据,不用数据库,反向做方案,是贵司钱多?还是工作量不饱和,要给自己加任务?

其次,你这最大的数据量,几亿条,才 5GB ,另一个几百万条的文件,估计才几十 MB 吧?不说内存,一些大缓存的洋垃圾 CPU ,说不定都能把你这几百万条文件给一口吃掉。

不用数据库,这道题就是如何使用 C++,选取极致的字符串匹配算法,实现数据切分到每个核 与 内存,使其处理带宽最大化。

用数据库,这道题就是怎么安装、配置数据库,进行性能调优。

这两道题的难度完全不是一个等级的,不是大佬当然选择数据库,最好是地球上最强数据库 Oracle 。

至于 Python ?如果你的目标是,追求极致的处理性能,那么 Python 在这个问题上,就是个笑话。有些数据库引擎内部能优化到把数据量按 node 与 内存条的对应关系给负载均衡 + 并行起来,Python 却还在研究代码是不是写错了,怎么按行读取这种事情上,画风都不一样。

当然了,如果只是想叼根烟,翘着二郎腿,在空调房里,摸摸鱼,顺便在上百万的全闪存储 + 王思聪级的服务器上,用 Python 跑个数据玩玩,那当我没说。
edk24
2022-07-24 01:22:17 +08:00
fopen, 控制游标, 一次读入 n 行, 以此类推 只到遇到文件结尾符


大文件处理大多是这种套路, windows 的很多设计也是, 因为不可能几个 gb 的文件全部读到内存里面处理.
mikewang
2022-07-24 02:44:35 +08:00
```
import mmap
```
?
zlstone
2022-07-24 08:48:58 +08:00
估计是个面试题,不让用数据库,只能用 Python 解决
ranxi
2022-07-24 10:17:48 +08:00
抱歉各位,昨天有事没看回复,我再说明一下。

首先我之前是写 java 的,临时过来写 python ,所以很多用法不了解。
然后 O1 文件其实不是一个规则的 txt ,而是需要解析的 xml 文件,我是用 sax 逐行读取的。这点之前没有详细说明
O2 文件跟之前描述一样,是个表形式的 txt 文件,通过第一列映射第二、三列
wxf666
2022-07-24 19:07:06 +08:00
@ranxi 描述改个不停。。不如放几行数据出来

我还是觉得 sqlite 足够你用,几行的事

下载个 sqlite3.exe ( 1~2MB )就能用,也不用管理员权限,内存占用也随你设,1MB ,1GB ,都行

xml 也很好解决,xmlstarlet
crayygy
2022-07-25 09:53:16 +08:00
@krixaar Git 其实也是这种方式
ranxi
2022-07-25 11:10:23 +08:00
@wxf666 感谢,已解决

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