我遇到了同样的问题，虽然本地文件可以通过 chmod -x 解决这个问题，但是我大部分视频文件是在 NAS 上的，通过 SMB 连上后默认的权限是 700，没法去除 execute 属性。
因为只有 mkv 后缀文件有这个问题，其它后缀的文件即使有 execute 属性也是显示正常图标，所以我想这个问题还是因为某种原因造成的。
终于折腾一些时间后搜到国外讨论同样问题的一个帖子：
http://www.dslreports.com/forum/r29624985-Missing-Corrupt-Icon-发帖人后来发现这应该是缓存的问题，他用 TinkerTool System 清除用户缓存后图标就正常了。
我同样用 TinkerTool System 解决了问题（估计 CleanMyMac 等软件也行），即使文件有 x 属性也能正常显示 MPlayerX 的图标了。
TinkerTool System 是个收费软件，但好歹有5次试用机会，足够解决这个问题了：
http://www.bresink.com/osx/TinkerToolSys4.html如图清除用户缓存后就正常了。