这个没有什么离谱的，绕远很正常，全世界都这样。EMS 全国的航空物流中转中心就在南京。如果你寄顺丰，顺丰空运在没有直航飞机的情况下，也是有概率在他们的中转中心（杭州）转一下飞机的。我个人遇到过 EMS 还曾经干出来过大连寄北京，坐飞机绕一圈南京的事。EMS 和顺丰的这种中转机制保证他们可以在全国主要城市做到次日达。
这种去南京绕行的情况是好事，证明国内航空快递网络已经发展成熟。原来顺丰和 EMS 的空运快递都需要用客机的腹仓（就是飞机放托运行李的地方，空出来的用来装快递），所以稳定性跟民航机的航线和余裕程度很相关，不如快递公司自建网络来得稳定（对快递公司而言，也少被民营航空公司剥一层皮）。
现在顺丰有了杭州中转，EMS 有了南京中转，货物可以先在前半夜从始发地飞到南京 /杭州，分拣后，后半夜再飞往目的地，这样做反而提高了分拣效率。同时，对于始发地或目的地在长三角的货物，南京和杭州都可以直接上车开到目的地，不需要直飞上海。所以比如上海到大连的快递，可能会先陆运到南京（或杭州），然后再上飞机到大连。
前几天武汉刚开通了中国第一家纯货运机场。武汉的地理位置原则上要比南京或杭州好，但是我个人分析认为，始发地或目的地在长三角的快递占比很大，如果快递都在武汉中转的话，那么要多坐一段时间的飞机，而不能直接陆运到目的地，所以顺丰和 EMS 这两家有能力的公司都选择了长三角。
中国快递并不像美国一样依赖空运，大多数快递都是公路运输的（甚至都不是铁路运输），如果到各个地方都是点对点直达飞机，塞不满一架飞机，也会造成浪费。
美国两家主要快递公司（联邦快递、UPS ）也都在美国东南方建有中转机场。美国快递基本都需要经过联邦快递和 UPS 物流中心中转（除非是旧金山到洛杉矶、纽约到洛杉矶这种高容量航线）。美国邮政 USPS 也是租的联邦快递飞机。你寄联邦快递到美国，基本都会经过安克雷奇和孟菲斯（ Menphis ）中转，Menphis 就是联邦快递的中转点。这个城市基本就是靠联邦快递中转站才有名的，人口很少。
感兴趣的可以看看这个 youtube 视频：
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