V 友们，有没有医疗行业的，懂 DICOM 的？

[ChenSino]

我司有个需求是这样的： 要求实现解析 dicom(多帧)文件，把他转化成多个图片，然后把每个图片拿去调用 ai 组的一个接口（标出病灶，结节，返回坐标集合），拿到每个图片的坐标后，根据坐标绘制图片把病灶圈起来得到新的图片，然后再用新的图片替换原 dicom 中的图片，实现播放 dicom 时，能看到每帧上圈出来的病灶。

图片根据坐标绘制很好实现，绘制完后如何再把他写入原 dicom 文件呢？我用的 java 的 dcm4che 库，文档几乎可以说是没有，代码注释也是少得可怜，有经验的的大佬能否指点一下如何做，或者哪里可以获取到 dcm4che 的更详细资料？

ps: 不要问我为什么 ai 不支持直接在多帧 dicom 上标注，俺也不敢说也不敢问

[LLaMA2]

dicom 的 image 段 你可以做到 dicom->image <==> 图片 互转

替换回去，顺便可能需要变更下 data_element 的 value_length.
以上内容是我根据搜索引擎查询 dicom 的数据格式得出的结论。

话又说回来，
你应该直接研究下已有的 dicom 渲染工具是怎么渲染画面的，
渲染的时候带入坐标自己做额外的绘制是不是更高效！

[sivacohan]

https://github.com/dcm4che/dcm4che/blob/master/dcm4che-tool/dcm4che-tool-jpg2dcm/README.md

[tool2d]

dicom 是连续性的切片，你单独拿出来一帧帧 AI 标注，会不会标错啊？
其实 AI 就应该多帧标注的，类似原始输入数据是立体模型，而不是纯平面切片数据。

[chesha1]

把 ai 组返回的数据生成一个分割文件（比如用 nibabel 库生成 nii.gz 文件），然后有很多软件（比如 itk-snap ），支持导入 dicom 文件和分割文件，把结果覆盖显示在原图上

据我了解，一般是不会把分割结果直接写入原 dicom 文件的，因为 dicom 文件的像素的灰度值是有医学上的意义的

或者你可以不管格式了，直接压成一个 png 或者 jpg 文件，可以也好做，你拿到分割结果后，这是一个多维数组，dicom 文件读取后（比如用 pydicom 库）也是一个多维数组，直接覆盖在上面，然后保存成图片输出就行了

[LLaMA2]

@chesha1

看到你的回答，我想起写透视外挂的时候都是 overlay 一层透明窗口，绘制。就是不知道 OP 的 AI 模型速度快到什么程度

[Yokira]

如果是网页端，在绘制 dicom 的时候一般都会使用第三方库（ cornerstonejs 之类的）在 canvas 上面进行绘制，第三方库会提供渲染标注的方法，只要将 AI 返回的结果转换成对应的标注格式，然后与 dicom 一起加载就会自动绘制出来。
或者将标注转成 png ，铺在 dicom 上面也行，随着 dicom 的层数渲染不同的标注，这样做的好处就是标注文件比较小。
总之不建议将标注写到 dicom 里面。

[RVRGnXxwawP5kwKW]

1. 你不应该去修改原来的 dicom 文件，而是应该把得到的标注重新存一个文件。
2. 你 ai 得到得病罩最后最好是转化为一系列的坐标点，病罩就是这些坐标点围成的区域。
3. 如果你获取的标注是给医生看的，你应该存成 dicom rt 格式，兼容大部分临床的 dicom 图片查看器。
4. 如果你只是要展示给普通用户，那你存什么格式都无所谓了，只要前端能显示。但仍然推荐存坐标点而不是图片，因为更 compact 更节省空间。

应该没有人比我更懂了，欢迎联系讨论： https://kaizhao.net/cn 。

[sakae010]

我们是前端实现的，用的 cornerstonejs ，差不多就是楼上说的这样

[ChenSino]

@tool2d 不懂啊，刚接触 dicom,我也觉得是 ai 应该一下处理所有，返回处理好的多帧文件

[RVRGnXxwawP5kwKW]

@tool2d 他可能就是找了个 2d 的 segmentation 模型训练了下，3d 的模型难找，而且简单模型可能内存扛不住。

[Jimmyisme]

@kaiz #10 https://github.com/wasserth/TotalSegmentator

[ChenSino]

@kaiz 是给医生看的，我也是准备生成新的 dicom,现在就是不知道该如何用 java 的 dcm4che 实现把病灶的坐标显示在多帧 dicom 文件上

[ChenSino]

@kaiz 是的

[tiwizz]

建议使用 gdcm 来解析 dcm 文件，这个是多帧的。https://stackoverflow.com/questions/45193995/how-to-read-multi-frame-dicom-files-using-gdcm ，好像答案是 c#的，转一下就可以了吧，api 都一样。事实上都是分两层的吧，结果放在图像层上一层 canva 显示。

[ChenSino]

@Yokira 好的，感谢提供思路，我试试前端处理

[laqow]

java 应该就套个 imagej 随便搞

[tiwizz]

补充： https://github.com/malaterre/GDCM/tree/master/Examples/Java

[ChenSino]

@chesha1 要用代码实现，因为要给医院用的，后续会有很多 dicom 文件

[ChenSino]

@tiwizz ok ，感谢，我研究一下

[D2h0VL89HMAU417B]

差点以为是我们公司了，我们有个公司最近也在搞这个