V2EX = way to explore
V2EX 是一个关于分享和探索的地方
现在注册
已注册用户请  登录
V2EX 提问指南
l0o0
V2EX  ›  问与答

根据序列相似性把序列进行分组

  •  
  •   l0o0 · 2017-06-05 23:20:59 +08:00 · 1567 次点击
    这是一个创建于 2510 天前的主题,其中的信息可能已经有所发展或是发生改变。

    大家好,我有同学做数据分析的时候,遇到一个问题,感觉比较复杂,已经超出我们生物专业的所以解决的范围了,所以来这里请教大家给一些建议。

    假设有一小段 DNA 序列,这个序列有 8 个碱基(也就是 8 个字符)。碱基一共有 4 种,分别是 ATCG。现在这样的序列有 16645 条,这些序列之间不完全相同。我们想把这些序列按照序列相似度进行分组,要求

    1. 组内每条序列之间在相同的位置上,碱基相同的数目不超过 4 个
    2. 需要把序列分成 10 组
    3. 每组序列内的数目尽可能的多

    因为我们生物专业经常实验的多,对于算法的不是很明白。如果对上面的问题有想法的话,请麻烦详细说明一下。谢谢大家

    目前尚无回复
    关于   ·   帮助文档   ·   博客   ·   API   ·   FAQ   ·   我们的愿景   ·   实用小工具   ·   928 人在线   最高记录 6543   ·     Select Language
    创意工作者们的社区
    World is powered by solitude
    VERSION: 3.9.8.5 · 23ms · UTC 19:56 · PVG 03:56 · LAX 12:56 · JFK 15:56
    Developed with CodeLauncher
    ♥ Do have faith in what you're doing.