这里有没有人用python做生物研究的？

[yech1990]

生物信息博士一枚，做实验，写点代码。想学一学python，发现python的论坛气氛都很浓，就没发现用python做科研的啊。。。

[dndx]

不是学生物的，不过我看到很多做生物研究的用的是 perl ，不知何故。

可能 Python 做科学计算貌似国内不多，或者都是学院派，默默无闻型的。

[toothpaste]

@dndx +1
我一个做生物的朋友十分推崇perl, 十分不明白.

[zhensun]

具体是做什么？

[hfeeki]

有专门为生物研究开发的Python版本：
biopython : http://biopython.org/
bioSQL：http://biopython.org/wiki/BioSQL
python好用，易学，功能强大，而且还有很多同行在用。

[luikore]

perl和ruby都有很多一行能搞定的字符串函数, 还有模拟awk的命令行参数

[zhensun]

这东西主要还是因为库。

[Part]

@yech1990 求推荐研究生~

[cassyfar]

这东西主要还是库, LZ是做模拟神经,大脑之类的吗

[chunshuai]

@Part @yech1990 +1 同求

[kaiqiz89]

你哪个学校的？

[HowardMei]

不懂生物，但一直关注开源工程计算。生物学家用perl比较多，大概喜欢它对弱格式文本处理的强悍，就像 @luikore 提的，而python里需要额外库支持：https://github.com/gvalkov/python-oneliner
bioperl 也最老最成熟，其它语言的bio库都是从它port过去的，包括biopython

不过python在计算领域发展较快，开发很活跃，模仿matlab的开源集成安装包有蛮多：
http://www.sagemath.org 最老，偏数学计算
http://www.enthought.com/products/ 集成作图，与matlab交互，有商业支持
http://code.google.com/p/pythonxy/ 较新，偏GUI，打包IDE和QT设计器
https://store.continuum.io/cshop/anaconda 偏大数据性能，有商业版本

学校里写论文ipython notebook用处比较大，可以仿真、作图、写markdown/latex，
以网页形式展现:
http://blog.fperez.org/2012/09/blogging-with-ipython-notebook.html
然后转换成pdf等格式。
最重要ipython支持本地和在线两种部署，用来教学，在线提交作业很方便，MIT有在EC2上开搞的部署工具StarCluster：
http://star.mit.edu/cluster/docs/latest/plugins/ipython.html

[zhensun]

现在 matlab 很多都用 R 来代替了。

[empilot]

http://azaleasays.com/
http://hyry.dip.jp:8000/pydoc/index.html

[yech1990]

@zhensun 主要做进化，也做其他的

[yech1990]

@chunshuai @Part @kaiqiz89 这里的研究生主要还是做分子和细胞的实验，编程都算入门的级别。中大的。

[kaiqiz89]

@yech1990 中山大学？

[kaiqiz89]

@yech1990 干毛？算遗传距离？

[Todd_Leo]

发现很多人都在用R来做生物学上的计算

[yech1990]

@kaiqiz89 是。不全是。

[kaiqiz89]

@yech1990 我们实验室有个教授，也是搞生物信息学的，专长就是在进化……

他说他就是要推翻达尔文，他的理论大致概括出来就是变异会随着物种进化程度升高而降低，他的理论还没被认可，但是也没有人举出反例。

叫黄石