我反而觉得 PHP 的坑比 Python 多得多了。
楼主，首先改进你的代码，把处理部分的函数的参数，接受 3 个文件名改为接受 3 个字符串，也就是把「从文件读取文本」的功能分离出来，在另外一个函数先处理好，因为对于网络来说，不是读文件，而是读网页表单数据，但是无论是从文件读取还是从网络读取，处理流程都是一样的，所以处理函数可以重用。
例如 handle(filename1, filename2, filename3) 改成 handle(text1, text2, text3)
可能你这部分已经做好了。
SAE 支持多个 Pyhton 的 web 框架，对于你这种小工具，选择微框架就行了。我推荐 Flask。不到 20 行代码就搞定了。
from flask import Flask, request
import my_module
app = Flask(__name__)
@
app.route("/")
def hello():
text1 = request.args.get('input1')
text2 = request.args.get('input2')
text3 = request.args.get('input3')
return my_module.handle(text1, text2, text3)
if __name__ == "__main__":
app.run()
运行后这样访问 http://localhost:5000/?input1=111&input=222&input3=333