大致梳理了一下，这可能是超时自动确认收货。

3 、商家订单且由厂家自送或者用户自提等无物流信息的订单，自商品出库后，在第 21 天系统进行自动确认完成。
详见： https://help.jd.com/user/issue/268-4013.html

相对应来说，淘宝在商家发货后 10 天，也是会自动确认收货的：
如果物流方式为快递、EMS 、不需要物流，自“卖家已发货”状态起的 10 天后，系统会自动确认收货。
详见： https://consumerservice.taobao.com/self-help?#page=issue-detail&knowledgeId=1122303


但是，两边的开始条件略有不同：
京东是 [自商品出库后]
淘宝是 [自“卖家已发货”状态起]


我不太确定京东的 “商品出库” 需要卖家做什么操作，但是很显然问题的关键点在这里：
如果是卖家在明明无法发货的情况下，自己进行了出库操作，那这个锅应该卖家来背，明显的违规操作。
如果是京东在订单下单后就默认已出库，那这个锅应该京东背，流程设计不合理。


我找了我自己一单因为疫情延误的订单，从我的订单来看，京东应该没有做 “自动出库”，可以参考下图：
https://i.loli.net/2020/05/23/FBwajVvAUTS9ysN.png


综上，我更倾向于认为是商家做了不合理的出库操作导致了后面的一系列问题。
京东方面也有少量责任：主要是提示不清晰，自动收货前无再次提醒，没有针对疫情增长收货时间。